Обучался в иконописной мастерской в Рославле, затем в ИАХ по классу батальной живописи у Б.П. Виллевальде. Награжден медалями: малой серебряной (1853), большой серебряной (1855), малой золотой (1857), большой золотой (1858). В 1858 в качестве художника сопровождал великих князей Николая и Михаила Николаевичей в путешествии на Кавказ и в Закавказье. Представленный им проект памятника «Тысячелетие России» в Великом Новгороде победил на конкурсе (1859) и был принят к исполнению. Автор ряда государственных памятников (адмиралу А.С. Грейгу в Николаеве и Александру II в Ростове-на-Дону), проектов памятников (королю Педро IV в Лиссабоне и сербскому князю Михаилу Обреновичу в Белграде). Немногие памятники пережили годы Советской власти. Среди них – памятники Екатерине II в Петербурге (1873) и Богдану Хмельницкому в Киве (1888), Ермаку в Новочеркасске и уже упомянутый памятник «Тысячелетие России» в Великом Новгороде. В конце 1880-х работал над внутренним оформлением Ташкентского военного Спасо-Преображенского собора (уничтожен в 1935). Экспонент Всемирной выставки в Лондоне (1862, почетная медаль). Почетный член Лиссабонской высшей школы изящных искусств (1864) и сербского «Ученого дружества» (1868), академик ИАХ (1869); член ОПХ, Товарищества русских художников-иллюстраторов. Автор-редактор художественно-карикатурного издания «Маляр» (1873–1874), редактор-издатель сатирического журнала «Пчела» (1876–1878) и журнала «Русь» (1879–1880), иллюстратор, карикатурист. Сооснователь «Espero» – первого общества эсперантистов в Петербурге (1892). Сын – скульптор Борис Михайлович Микешин. Работы хранятся в ГЭ, ГЦТМ им. А.А. Бахрушина, Рославльском историко-художественном музее и др.